TRAIN Omics

Omics-Technologieplattformen im TRAIN Verbund

Auf dieser Webseite finden Sie eine Auflistung der Omics-Technologieplattformen und Core-facilities sowie der Biobanken im TRAIN Verbund. Eine erste Datenprozessierung kann i.d. Regel durch die hier gelisteten Institutionen gewährleistet werden, wenn Sie jedoch Kooperationen im Bereich der (weiterführenden) Datenanalyse- und management suchen, klicken Sie bitte hier.

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Next-Generation-Sequencing (NGS)


Genomik/Transkriptomik

Institut für Humangenetik

Universitätsmedizin Göttingen
Leitung: Prof. Dr. med. Bernd Wollnik

Kompetenzen: Genidentifizierung & Aufklärung molekularer Krankheitsmechanismen; Entschlüsselung der genomischen Instabilität in altersassoziierten Erkrankungen; Translation neuer Genomeditierungsansätze in Therapieoptionen; Short-read-/Long-read-Genomsequenzierung; Einzelzell-Genomsequenzierung; EdU-Seq zur Bestimmung von Origins der DNA-Replikation; mtDNA-Analyse; Entwicklung moderner Bioinformatik-Pipelines für Short- und Long-read-Genom-/Transkriptomdaten; interdisziplinäres MutationMining-Team für Varianteninterpretation; DFG-Fachkollegiat und PI folgender Netzwerke: Exzellenzcluster MBExC, SFB1002, FOR2800, KFO5002, ERN ITHACA, DZHK, DZKJ

Ansprechpartner: Prof. Dr. med. Bernd Wollnik,  Email verfassen

DSMZ Long Read Sequencing Platform

Leibniz Institute DSMZ
Leitung: Dr. Boyke Bunk

Laborleitung: Dr. Cathrin Spröer

Kompetenzen: Complete Genome Sequencing, de novo Genome Assemblies, Microbial Genome Analyses, Microbial Basemodification Analysis, Metagenome Sequencing, Hypervariable Region Sequencing, PacBio Sequencing, Oxford Nanopore Sequencing

Ansprechpartner: Dr. Boyke Bunk, Email verfassen

Institut für Tiergenomik

Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
Leitung: Prof. Dr. Julia Metzger

Kompetenzen: Spezifische Probenausbereitung aus tierischen Materialien für OMICs-Anwendungen; DNA und RNA Isolierung und Qualitätskontrolle, Anzucht und Analyse von mesenchymalen Stammzellen; Library Präparation für WGS, mRNA-seq, smallRNA-seq, Hi-C, ATAC-seq; Sequenzdatenanalyse (Genomanalysen, Expressionsanalysen, 3D Genomik).

Ansprechpartner: Prof. Dr. Julia Metzger. Email verfassen


Massenspektrometrie (MS)


Proteomik

Core Facility Mass Spectrometry (CF-MS)

Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
Leitung: Prof. Dr. Gisa Gerold

Kompetenzen: Proteomanalytik von Zellkulturmaterial, Gewebeproben, gereinigten Proteinen; weitere Serviceleistungen umfassen: Auswertung von –Omics Datensätzen, Unterstützung bei Planung von Proteomics Studien, Daten- und Qualitätsmanagement    

Ansprechpartner: Prof. Dr. Gisa Gerold, Email verfassen

Metabolomik

BRICS Metabolism Profiling Platform

Technische Universität Braunschweig, DSMZ, PTB, HZI
Leitung: Prof. Dr. Karsten Hiller

Kompetenzen: Metabolic profiling of mammalian cells, tissues and body fluids; Stable-isotope labeling, metabolic flux analysis, metabolomics; immunometabolism, macrophage biology, primary immune cells; pathogen metabolism, bacterial metabolism; systems biochemistry, metabolic pathway analysis, enzyme activities, metabolic regulation; analytical chemistry, mass-spectrometry, GC-MS, LC-MS; Data analysis, biomarker signatures, machine learning; Seahorse respiration analysis, exometabolome analysis, hypoxia

Ansprechpartner: Prof. Dr. Karsten Hiller, Email verfassen


Bioproben und Probenaufarbeitung


Biobanken

Hannover Unified Biobank (HUB)

Medizinische Hochschule Hannover
Leitung: Prof. Dr. Thomas Illig

Kompetenzen: Prä-analytik für Gewebe, Zellen und Körperflüssigkeiten inkl. Fraktionierung und Aliquotierung von z.B. Vollblut, Blutserum oder -plasma, Urin u.a., Gewinnung von PBMCs und automatisierte Isolation genomischer DNA sowie semiautomatisierte Gewinnung zellfreier DNA (cfDNA) aus Blut); Zentrale Lagerung von Bioproben inkl. Stickstofflagerung (-190°C) und vollautomatischen Biobanklager (-80°C); weitere Serviceleistungen umfassen z.B. Probenverwaltung in multizentrischen Großprojekten (inkl. Multi-Omics-Projekten), Unterstützung bei Planung von Studien mit Bioproben im Bereich Proben-, Daten- und Qualitätsmanagement

Ansprechpartner: Prof. Dr. Thomas Illig,  Email verfassen

Ansprechpartnerin

Dr. Sara Haag
TRAIN Omics Referentin

Telefon:

+49 511 5350-8385

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