TRAIN Omics
Omics-Technologieplattformen im TRAIN Verbund
Auf dieser Webseite finden Sie eine Auflistung der Omics-Technologieplattformen und Core-facilities sowie der Biobanken im TRAIN Verbund. Eine erste Datenprozessierung kann i.d. Regel durch die hier gelisteten Institutionen gewährleistet werden, wenn Sie jedoch Kooperationen im Bereich der (weiterführenden) Datenanalyse- und management suchen, klicken Sie bitte hier.
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Next-Generation-Sequencing (NGS)
Genomik/Transkriptomik
Institut für Humangenetik
Universitätsmedizin Göttingen
Leitung: Prof. Dr. med. Bernd Wollnik
Kompetenzen: Genidentifizierung & Aufklärung molekularer Krankheitsmechanismen; Entschlüsselung der genomischen Instabilität in altersassoziierten Erkrankungen; Translation neuer Genomeditierungsansätze in Therapieoptionen; Short-read-/Long-read-Genomsequenzierung; Einzelzell-Genomsequenzierung; EdU-Seq zur Bestimmung von Origins der DNA-Replikation; mtDNA-Analyse; Entwicklung moderner Bioinformatik-Pipelines für Short- und Long-read-Genom-/Transkriptomdaten; interdisziplinäres MutationMining-Team für Varianteninterpretation; DFG-Fachkollegiat und PI folgender Netzwerke: Exzellenzcluster MBExC, SFB1002, FOR2800, KFO5002, ERN ITHACA, DZHK, DZKJ
Ansprechpartner: Prof. Dr. med. Bernd Wollnik, Email verfassen
DSMZ Long Read Sequencing Platform
Leibniz Institute DSMZ
Leitung: Dr. Boyke Bunk
Laborleitung: Dr. Cathrin Spröer
Kompetenzen: Complete Genome Sequencing, de novo Genome Assemblies, Microbial Genome Analyses, Microbial Basemodification Analysis, Metagenome Sequencing, Hypervariable Region Sequencing, PacBio Sequencing, Oxford Nanopore Sequencing
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Institut für Tiergenomik
Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
Leitung: Prof. Dr. Julia Metzger
Kompetenzen: Spezifische Probenausbereitung aus tierischen Materialien für OMICs-Anwendungen; DNA und RNA Isolierung und Qualitätskontrolle, Anzucht und Analyse von mesenchymalen Stammzellen; Library Präparation für WGS, mRNA-seq, smallRNA-seq, Hi-C, ATAC-seq; Sequenzdatenanalyse (Genomanalysen, Expressionsanalysen, 3D Genomik).
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Research Core Unit Genomics (RCUG)
Medizinische Hochschule Hannover
Leitung: Dr. Oliver Dittrich-Breiholz
Kompetenzen: DNA-Analytik (DNA Fragmentierung und QC, Genom- und Exomsequenzierungen), Target Enrichment (Amplicon-, ChIP-, ATAC-Seq), epigenetische Analysen und Metagenomik; RNA-Analytik (RNA QC, mRNA-Microarrays, RNA-Seq zur Detektion von mRNA, smallRNA, microRNA); Single Cell Analytik (10x Genomics Plattform incl. Hashtag- und Zelloberflächenprotein-Nachweis); Bioinformatik (Auswertung von Sequenzdaten, Bereitstellung von Analyse- und Visualisierungsprogrammen und High Performance Computing-Rechnerkapazität, Beratung bei Anträgen und Planungen). (siehe: www.mhh.de/genomics/services).
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Massenspektrometrie (MS)
Proteomik
Core Facility Mass Spectrometry (CF-MS)
Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
Leitung: Prof. Dr. Gisa Gerold
Kompetenzen: Proteomanalytik von Zellkulturmaterial, Gewebeproben, gereinigten Proteinen; weitere Serviceleistungen umfassen: Auswertung von –Omics Datensätzen, Unterstützung bei Planung von Proteomics Studien, Daten- und Qualitätsmanagement
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Metabolomik
BRICS Metabolism Profiling Platform
Technische Universität Braunschweig, DSMZ, PTB, HZI
Leitung: Prof. Dr. Karsten Hiller
Kompetenzen: Metabolic profiling of mammalian cells, tissues and body fluids; Stable-isotope labeling, metabolic flux analysis, metabolomics; immunometabolism, macrophage biology, primary immune cells; pathogen metabolism, bacterial metabolism; systems biochemistry, metabolic pathway analysis, enzyme activities, metabolic regulation; analytical chemistry, mass-spectrometry, GC-MS, LC-MS; Data analysis, biomarker signatures, machine learning; Seahorse respiration analysis, exometabolome analysis, hypoxia
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Bioproben und Probenaufarbeitung
Biobanken
Hannover Unified Biobank (HUB)
Medizinische Hochschule Hannover
Leitung: Prof. Dr. Thomas Illig
Kompetenzen: Prä-analytik für Gewebe, Zellen und Körperflüssigkeiten inkl. Fraktionierung und Aliquotierung von z.B. Vollblut, Blutserum oder -plasma, Urin u.a., Gewinnung von PBMCs und automatisierte Isolation genomischer DNA sowie semiautomatisierte Gewinnung zellfreier DNA (cfDNA) aus Blut); Zentrale Lagerung von Bioproben inkl. Stickstofflagerung (-190°C) und vollautomatischen Biobanklager (-80°C); weitere Serviceleistungen umfassen z.B. Probenverwaltung in multizentrischen Großprojekten (inkl. Multi-Omics-Projekten), Unterstützung bei Planung von Studien mit Bioproben im Bereich Proben-, Daten- und Qualitätsmanagement
Ansprechpartner: Prof. Dr. Thomas Illig, Email verfassen